水冷机房空调机组从房间吸取的热量通过内置水冷冷凝器传输到制冷剂中。冷却水可以由供水管道、冷却塔或者水井供应,或者在一个带有外置干冷器的密封回路中运行。但是在改种情形下，冷却水通常采用抗冻的水和乙二醇的混合物代替常用的制冷剂。该机组适用于有集中冷却水系统的场所。机组能效比风冷式机组高，因此更节能；机组安装不受室外场地限制。